Etlik Merkez Veteriner Kontrol ve Araştırma Enstitüsünün başlangıcı kabul edilen Sığır Vebası Serum Kurumu (Veba-i Bakari Seromu Dar-ül-istihzarı) Kurtuluş savaşı sırasında Eskişehir'de faaliyet göstermekte iken Yunan ordusunun şehre yaklaşması nedeni ile önce Ankara'ya daha sonrada Kırşehir ilimizin Bozkaya yöresine nakledilmiştir.
 

Kurumumuz Sakarya savaşından sonra 1921 yılı Aralık ayında Ankara Serum Üretim Kurumu adıyla Etlik'te bulunan bugünkü yerine taşınmış ve sığır vebası serumu üretimine başlanmıştır.
 

1923 yılında kurum bünyesinde Kimyasal Analiz, Bakteriyoloji ve Meteoroloji Laboratuarları kurulunca serum üretimi o tarihte Pendik'te kurulan Enstitüye devredilmiştir.
 

1927 yılında Pasteur Enstitüsü tarafından geliştirilen Anthrax aşısının üretimi ile Tavuk Difteri aşısı üretimine başlanmış ve yine aynı yıl ülke hayvancılığını tehdit eden hayvan hastalıklarının araştırılması ve Ruam'ın serolojik teşhisi gerçekleştirilmiştir.

Bugünkü Enstitü kütüphanesinin temeli de 1927 yılında atılmıştır.

1928 yılında Mallein ve Tüberkülin ile Tavuk kolerası ve Tifüs hastalıklarına karşı aşı üretimine başlanılmıştır.

1929 yılında BCG, Tetanoz aşıları, Gurm aşılarının Üretimi ve Kuduz hastalığının teşhisi de gerçekleştirilmiştir. Yine aynı yıl böcek bilimi, şarapcılık ve bitki hastalıkları laboratuarları da kurulmuştur.

1930 yılında zirai konularla ilgili çalışan laboratuarlar ve Meteoroloji istasyonları Ziraat Okuluna devredilmiş ve kurum bünyesinde yeni bir yapılanmaya gidilmiştir. Bu yapılanma çerçevesinde Araştırma ve Uzman Laboratuarı, Besin Kontrolü Laboratuarı ve Zootekni Laboratuarları kurulmuştur.     

Şap aşısı, Veba aşısı ve Koyun Pasteurellosis aşılarının üretimi çalışmalarına yine 1930 yılında başlanılmıştır.

1932 yılında Mardin Serum Kurumunun tüm laboratuar ekipmanları, kadro ve ödenekleri Etlik ile birleştirilmiştir.

1933 yılında ise Zootekni Laboratuarı Yüksek Ziraat Enstitüsüne devredilmiştir.

1949’dan sonra gelişme daha da büyük bir hız kazanmış. Bu yıl içerisinde Tavuk hastalıkları ve Parazitoloji laboratuarları, 1951’de FAO Merkez Bruselloz laboratuvarı, 1953’te Kuduz ve Koyun çiçek, 1954’te Seroloji laboratuarı açılmıştır.

Büyük çapta zararlara yol açan şap salgını üzerine 1957’de bir Şap Enstitüsü ihtiyacı üzerinde durulmuş, yapıların bitirilip işletmeye açıldığı 1957 yılına kadar, virüs tiplerinin saptanması ve doğal virüsler (Schmidt-Waldmann) metoduyla aşı üretimi yapmak üzere, yine kurumumuza bağlı olarak şap ve doku kültürü laboratuarları kurulmuştur. Daha sonra 1959’da Leptospira, 1963’te Araştırma, 1969’da Patoloji, Toksikoloji ve Viral abortuslar laboratuarları açılmıştır.

Gelişme evreleri sırasında bazı konuların çıkarılmaları gerekmiş BCG aşısı ve gurm antivirüsü üretimine 1953’te; Tetanoz aşı ve serumu, Koyun Pastörellozu, Tavuk kolerası aşısı ve Antraks Serumu üretimine 1957’de; Ciğer ağrısı üretimine de 1962’de son verilmiştir.

Öte yandan FAO/WHO Merkez Brucella Laboratuvarı 1957’de Pendik Bakteriyoloji Enstitüsü’ne taşınmıştır.

Bilimdeki gelişmelere ve konuların çeşitlenmesine uygun olarak Enstitümüzün gelişimi günümüze kadar devam etmiş olup, Enstitümüz halen 7 bölüm ve 26 laboratuar halinde faaliyetlerini sürdürmektedir.